Program Magister Hukum berdiri sejak tahun 2004 dengan izin penyelenggaraan Program Studi Magister Hukum dengan No: 1033/D/T/2004 pertanggal 27 februari 2004.  Saat ini Program Magister Hukum Universitas Borobudur menjalankan kerjasama dengan beberapa instansi ataupun lembaga swasta dan instansi pemerintah dalam menyelenggarakan program perkuliahan program Magister Hukum (S2), program perkuliahan ini telah berjalan beberapa tahun dan diselenggarakan dibeberapa daerah seperti di Kotamadya Tangerang dan Kabupaten Karawang dll